Se han encontrado restos arqueológicos que demuestran que los primeros visitantes procedentes de la costa del Ecuador llegaron en “Balsas o en artefactos flotantes con técnica de vela creados por ellos mismos y eso les permitió viajar muy lejos dentro del mar. Al parecer no se han encontrado rastros de asentamiento permanentes en la isla. Luego de mucho tiempo en 1535, Fray Tomás de Berlanga el obispo de Panamá descubrió las islas Galápagos y junto con ellas a la isla Santa Cruz debido a que en el viaje que estaban realizando desde Panamá hasta Perú se extraviaron y encontraron cinco islas, entre ellas a la isla Isabela.Llamaron a las islas “Galápagos” porque el caparazón de la tortuga que vivía allí se parecía mucho a una silla de montar española que se llamaba “galápago”. La escasez de agua y la abundancia de rocas dieron una mala primera impresión.

La variación climática que se presenta en las islas Galápagos está fuertemente influenciada por las corrientes marinas como la corriente de Humboldt y de los vientos alisios que soplan de manera relativamente constante en verano. El efecto de enfriamiento que ejerce la corriente de Humboldt implica que el clima del archipiélago sea por lo general templado y seco. Las temperaturas aproximadas que se pueden presentar en la isla Santa Cruz es de 20 °C a 31 °C y se presentan dos estaciones.

Una de las estaciones, la más fresca y seca, con cielos cubiertos la mayoría del día y vientos soplando desde el sur y temperaturas que oscilan entre los 18 y 20 °C. Se da de junio a diciembre. La estación opuesta es caliente y lluviosa, cuando el viento sopla desde el norte, con días muy soleados, cortas y fuertes precipitaciones y temperaturas entre los 24 y 31 °C. Se presenta entre los meses de enero a mayo. El promedio anual de precipitaciones en la costa está entre los 0 a 300 mm por año, mientras en la parte alta es entre los 300 y 1700 mm.

El periodo que va de enero a marzo se considera la temporada caliente y húmeda, siendo marzo el mes más caluroso del año; durante esta temporada abundan las plantas, y la temperatura del agua resulta ideal para bucear.